2023-12-27 前端达人
GitHub 是一个软件源代码托管服务平台，Linux 上使用的大部分工具都可以在上面获得。
但是由于 GitHub 的服务器在国外，国内访问经常出现网络问题导致访问失败，尤其是使用 git clone 对 repo 进行克隆的时候，会经常出现因网络问题而克隆失败。
Linux 集群服务器的用户，在比较难实现科学上网的前提下，对大型 repo 克隆的任务显得尤为困难，而且想使用 gradle build 的话，git clone 似乎是唯一选择。
既然 git clone 一两次不成功，那我就想办法让他 clone 到成功为止，于是我就写了一个循环脚本，将它投递到计算节点上 24h 运行，直到它克隆成功才结束任务。
以克隆 GATK （repo 大小约 300mb）为例，脚本如下：
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=GitClone #任务名称
#SBATCH --nodelist=litchi-0-1 #计算节点名称
#SBATCH --partition=WHEEL #使用 WHEEL 用户组
#SBATCH --nodes=1 #使用计算节点数量
#SBATCH --ntasks=1 #使用 1 个线程
#SBATCH --mail-type=end #任务结束时发送邮件
#SBATCH --mail-user=***@qq.com #邮箱地址
#SBATCH --output=/home/$USER/Slurm_JobLogs/JobLog_%j_%x.log #标准输出保存路径
#SBATCH --error=/home/$USER/Slurm_JobLogs/JobLog_%j_%x.err #标准错误保存路径
#------------------------------------------------------------
# PRINT JOB'S INFORMATION
source /home/$USER/.bashrc
threads=$SLURM_NTASKS
echo "## Job:[$SLURM_JOB_NAME]"
echo "## Node:[$SLURM_NODELIST]"
echo "## CPUs:[$SLURM_NTASKS]"
echo "## Mem:[$SLURM_MEM_PER_NODE]"
echo `date`
echo -e $(printf -- "-%.0s" {1..100})"\n" #cut-off-line
#------------------------------------------------------------
# PATH
repo_url="https://github.com/broadinstitute/gatk.git"
repo_name="gatk"
#------------------------------------------------------------
# SHELL
cd /home/$USER/Accessories/Softwares
while true; do #循环执行任务
git clone $repo_url #执行 git clone
if [ $? -eq 0 ]; then #如果以上命令的退出码等于 0 (任务成功)
echo "Git clone successful!"
break #则退出循环
else #如果命令的退出码不等于 0 (任务失败)
echo "Git clone failed:( Retrying..."
rm -rf ./${repo_name} #则删除这个repo
sleep 1 #睡眠 1 秒缓冲一下继续循环
fi
done
#------------------------------------------------------------
# JOB ENDS
echo -e $(printf -- "-%.0s" {1..100}) #cut-off-line
echo "## Runtime:[`sacct -j $SLURM_JOB_ID --format=Elapsed --noheader | awk '{print $1}' | sed -n '2p'`]"
这个脚本的路径为 ~/Scripts/GitClone_GATK.sh
将任务投递到计算节点运行：
sbatch ~/Scripts/GitClone_GATK.sh
最终，这个任务运行了 40 次，历时 13h，终于是克隆成功了！
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